优良的菌种是保证大豆根瘤菌剂增产的前提。优良的菌种应具备共生固氮效率高，与土著根瘤菌竞争能力、抗逆性和适应性强等特性。大豆根瘤菌菌种是从大豆根瘤中分离、纯化和筛选出来的。为提高菌种的性能，还可以采用新技术进行育种，以期得到更好的菌株。
①根瘤的采集和分离 挖取带有根瘤的根系，装入塑料袋内以备分离根瘤菌。用流水反复冲洗根瘤，直至无附着土壤，吸干水分。在无菌室内将根瘤置入75%酒精中浸3～5min，然后移到0.1%升汞中消毒3～5min，再用无菌水冲洗根瘤，除去残存的消毒液。切开根瘤，用接种环直接蘸取瘤汁在刚果红YMA平板上划线。从根瘤中分离根瘤菌的培养基为酵母甘露醇琼脂，简称YMA。培养基成分为：磷酸氢二钾0.5g，硫酸镁0.2g，氯化钠0.lg，甘露醇10g，酵母膏lg，琼脂18～20g，水l000mL。高压灭菌(1kg/cm2) 30min。刚果红琼脂配方：在1000mLYMA培养基中加入1%刚果红溶液2.5mL。刚果红可在分装试管前加入，也可以在溶化的培养基中加入灭菌的刚果红溶液。
②初步鉴定 由根瘤里分离出的培养物，在刚果红YMA平板上做初步鉴定，以确定是否是根瘤菌。根瘤菌菌落特征为：菌落黏稠，乳白色，在刚果红YMA平板上不吸色或早期不吸色，而其他杂菌则易吸色。28～30℃恒温培养，快生型大豆根瘤菌3～5d菌苔丰满；慢生型大豆根瘤菌则需5～7d。选取典型菌落在刚果红琼脂平板上进一步划线纯化。纯化后的菌种进行编号登记，并记录所分离的大豆品种、土壤、分离日期和分离人等，然后移入YMA斜面培养后4℃冰箱保存。
