植物残体发酵过程有不同种类微生物参与。由于不同植物残体原料和发酵条件的变化，各种微生物数量也在不断发生变化，所以植物残体发酵过程没有仟何微生物始终占据主导地位，每一个环境都有其特定的微生物种群。参与植物残体发酵过程的主要微生物种类是细菌、
真菌、放线菌，它们都有中温和高温菌。
1）细菌 在好氧发酵过程中，存在着大量的细菌。细菌凭借大的比表面，可以快速吸收植物残体中可溶性物质，使其快速增长。发酵初期，温度较低，主要以嗜温细菌为主，随着发酵堆温度的提高，嗜温细菌逐渐减少，一些芽孢杆菌成为细菌的主体，在降温阶段，嗜温细菌的数量有所回升。
2）放线菌 放线菌是多细胞菌丝的细菌，可以分解纤维素、半纤维素、木质素等。它们没有真菌分解纤维素、半纤维素、木质素的能力强，但比真菌更能耐高温和高pH，因此在发酵的高温期是降解纤维素、半纤维素、木质素的优势菌群。
3）真菌 真菌对植物残体的发酵腐熟具有重要意义，嗜温性真菌地霉菌和嗜热性真菌烟曲霉是发酵过程的优势菌群。温度是影响真菌生长的*重要因素之一，*大部分真菌是嗜温真菌，在5～37℃的环境中存在，当温度升到64℃时，几乎所有真菌都消失。当发酵后期，温度下降到60℃时，嗜温性真菌和嗜热性真菌又会出现。
总之，在植物残体发酵过程中主要依靠微生物的作用进行，微生物是发酵的主体，其来源一是自然界，二是人工接种。在发酵过程中，高温会将植物残体中的病原菌、虫卵、杂草种子杀死。
