通风供氧是堆肥成功的几种因素之一。堆肥需氧量的多少与堆肥中有机物含量相关，有机质越多，其耗氧量越大，一般堆肥过程中的需氧量取决于被氧化的碳量。适宜的温度和氧气是
有机肥设备能否成功出肥的重要条件。
堆肥初期，主要是好氧微生物的分解活动，需要良好的通气条件。如果通气不良，好氧性微生物受到抑制，堆肥腐熟速度缓慢；相反，通气过盛，不仅堆内水分和养分损失过多，而且造成有机质的强烈分解，对腐殖质的积累也不利。因此，前期要求堆体不宜太紧，设通风沟等。后期厌氧有利于养分保存，减少挥发损失，因此要求肥堆适当压紧或塞上通风沟。一般认为，堆体中的氧气保持在8%～18%。低子8%会导致厌氧发酵而产生恶臭；高于18%，则会使堆体冷却，导致病原菌的大量存活。一般可以采用翻堆机翻抛、鼓风、强制通风、被动通风等措施增加堆体中的氧气含量。
堆体温度变化是堆肥进程的宏观反映，也是影响微生物活动和堆肥能否顺利进行的重要因素。温度上升是微生物代谢产热积累的结果，反映了微生物代谢强度和堆肥物质的转化速度。一般认为，高温菌对有机物的降解效率高于中温菌，目前的快速、高温好氧堆肥技术正是利用了这一点。堆肥初期，堆体温度一般与环境温度接近，经过中温菌1-2d的作用，使堆肥快速升温，堆体温度达到50～65℃，一般维持5～6d高温期以杀死病原菌、虫卵和草籽，达到无害化指标，并起到脱水作用。*后温度降低，以利于养分转化和腐殖质的形成。温度过低将延长堆肥腐熟的时间，而过高的堆温(>70℃)对堆肥微生物生长活动产生抑制，过度消耗有机质，并造成大量的氨挥发，影响堆肥质量。
