作物秸秆、动物粪便加工有机肥通常由前处理、主发酵、后发酵、后处理、复配等工序组成。
1．前处理
主要任务是去除植物残体中的泥块、金属、电池等非发酵异物，粉碎植物残体，调节水分和C/N值。去除非发酵异物的原因：减少发酵仓容体积；去除金属、电池等影响发酵的物质，减少重金属污染机会；去除塑料绳等难粉碎物质，有利于后面粉碎、搅拌。粉碎调整植物残体大小的原因：通常粉碎使原料水分一定程度地均匀化，增加物料的比表面积，增加物料与微生物接触的面积，2高30解速度。理论上讲物料越细越好，但为了保证物料一定的空隙度来通风获得氧气，一般2～30 mm范围比较好。
2．主发酵
可在露天或者发酵装置内进行，通过翻堆或者强制通风向堆积层或发酵装置内供给氧气。首先是易分解物质如糖、蛋白质等分解，产生C02和H20，同时产生热量，使发酵温度上升。发酵初期，物质的分解发酵作用是依靠中温菌（30～40℃为*适宜生长温度）进行的，随着发酵温度上升，*适宜温度45～65℃的高温菌取代了中温菌，此时，各种病原菌、虫卵和杂草种子被杀死。一般将温度升高到开始降低为止的阶段称为主发酵阶段，为3～10 d。
4．后处理
经过两次发酵后的物料中，几乎所有的有机物都变细碎和变形，数量减少，再次经过一道分选工序，去除塑料、玻璃、陶瓷、金属、小石块等杂物，并根据需要进行再次破碎。
5．脱臭
部分发酵物在结束发酵后有臭味，必须进行脱臭处理。方法主要有化学除臭剂除臭、碱水和水溶液过滤、活性炭、沸石、特种土壤等作为吸附剂过滤。
6．复配
根据产品配方需求和发酵后的物料养分含量，在发酵物料中添加尿素、磷肥、钾肥生产有机无机复合肥，或者添加特定功能的微生物生产生物有机肥。
7．检测、包装、储藏
检测分析养分含量、腐熟程度、水分含量、重金属含量、病原菌含量、有机质含量等指标是否达到产品要求。达到要求后进行称量包装，储藏。
