生物有机肥是有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经微生物发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的含有特定功能微生物的有机肥料。生物有机肥料除含较高的有机质外，还含有一些功能菌，该类肥料的养分含量不高，虽然功能菌具有改善肥料有效性或释放土壤中难溶养分的能力，但其功能受土壤环境影响，稳定性不好。尤其是在利用畜禽粪便加工有机肥的时候，是采用有机肥生产线处理加工，还是利用现有场地经过简单处理发酵出售，根据自己所处情况而定。
生物有机肥与精制有机肥之间存在明显区别：
①是否含有益微生物。生物有机肥内含有多种有益微生物，由于有益菌群的生态占位效应，能减少植物病害发生；而精制有机肥经过高温处理，大多数微生物被杀死，不能为土壤提供有益微生物。
②加工过程中养分损失量不同。精制有机肥通过高温处理，养分受高温损失较多；而生物有机肥发酵温度相对较低，养分损失少。
③施用效果不同。精制有机肥没有完全腐熟发酵，直接使用容易烧根烧苗；而生物有机肥是彻*腐熟发酵，不会烧根烧苗。
④气味不同。精制有机肥除臭效果不理想，返潮可能发出恶臭味；而生物有机肥已将尿酸变成菌体蛋白，从根本上消除了臭味。
⑤生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥虽然也经过高温处理杀死了大部分病原菌和虫卵，但由于未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
利用肥料机器加工的畜禽粪便有机肥颗粒
