在有机肥的制作生产过程中，首先解决也是比较重要的问题就是堆肥。堆肥作为传统的生物肥处理技术，经过多年来的发展和改进，正朝着机械化、商品化方向发展。尤其是近年来，郑州程翔重工将堆肥发酵微生物作为研究对象，开发出一系列堆肥发酵特殊微生物，使堆肥效率明显提高，并且避免了传统堆肥过程中出现的臭味和霉变，以及对环境造成的二次污染等问题，这将是以后
有机肥设备发展的首要方向。在堆肥处理方法中，生物处理法是近年研究较多的一种方法，其中以有氧发酵为主。这种方法具有成本低、发酵产物生物活性强、肥效高、易于推广的特点，同时达到了去臭、灭菌的目的。
一般认为，堆肥化是在微生物的作用下通过发酵使有机物矿质化、腐殖化和无害化而变成腐熟肥料的过程，在微生物分解有机质的过程中，不但生成大量可被植物吸收的有效态氮、磷、钾等化合物，而且又合成新的高分子化合物——腐殖质，它是构成土壤肥力的重要活性物质。
堆肥是指在一定的条件下，通过微生物的作用，使畜禽粪便、作物秸秆或食用菌废糠等可降解的有机物经过发酵、腐熟等过程，不断被降解和稳定，并产生出一种适宜于土地利用的产品的过程。堆肥过程中也可以通过添加微生物发酵剂或采用工厂化方法控制堆制条件以加快堆肥的进程，提高堆肥质量。
堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧的情况下有机物料分解的过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；厌氧堆肥是在无氧的条件下有机物料分解的过程，其主要产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。厌氧堆肥和好氧堆肥相比较，单位质量的有机质降解产生的能量较少，而且厌氧堆肥通常容易发出臭味。由于这些原因，目前大部分堆肥工程系统都采用好氧堆肥。
上图：生物肥发酵设备（槽式翻抛机）
